A Risen 2: Dark Waters több évvel az első rész után játszódik, mikor az emberiség a kihalás szélére került, a titánok ugyanis valamilyen okból hatalmas pusztításba kezdtek, mind a szárazföldön, mind pedig a tengereket. Természetesen ezúttal is akad egy bátor harcos, aki egyes egyedül kész felvenni a harcot az óriásokkal és visszaűzni őket odújukba, van azonban egy probléma: senki sem tudja hogyan lehetne megállítani a bestiákat, csupán egy pletyka terjeng arról, hogy a déli szigetek közt portyázó kalózok tudják a probléma megoldását. Hősünk tehát a szigetegek felé veszi az irányt, ahol megannyi kihívás vár rá a titokhoz vezető út során.
